Самолет королевских ВВС под управлением лейтенанта Кейт Синклэр сбивают над Афганистаном. Героиня укрывается в заброшенном подземном бункере, в котором активируется смертельно опасное биологическое оружие инопланетного происхождения.
Агенты ФБР — Дана Скалли и Фокс Малдер — оказываются вовлеченными в тайный заговор. Они должны расследовать секретную деятельность правительства и выяснить правду о колонизации планеты внеземными гостями. Новое задание превосходит по опасности все, с чем агентам приходилось сталкиваться. Малдера и Скалли пытаются подставить неизвестные структуры, обвиняя их во взрыве правительственного здания в Далласе. В это время таинственная субстанция появляется в подземной пещере в Техасе. За расследование дела опять берутся странные люди — члены тайного синдиката, который очень тщательно хранит свои секреты.
Заблудившийся в лесу путешественник натыкается в глухой чаще на хижину, в которой живет одинокий старик. Герой думал, что нашел спасение и приют, но столкнулся с настоящим кошмаром.