Действие сериала «Ленинград 46» разворачивается в 1946 году в Ленинграде, восстанавливающемся после блокады, голода и разрушений. Ленинградская милиция активно борется с преступностью, накрывшей город после войны. В этой неравной битве погибает начальник отдела по борьбе с бандитизмом майор Кузьмин. Его сотрудники пытаются поймать виновных — банду жестокого и неуловимого Вити Музыканта.
Чтобы наказать преступников, опытный сотрудник отдела по борьбе с бандитизмом Ребров внедряется в банду Музыканта. Вскоре его целью перестает быть один только Музыкант, и внимание Реброва обращается к подельнику главаря — бывшему учителю литературы Данилову, вернувшемуся в Ленинград с фронта, прошедшему плен, штрафбат и госпиталь, потерявшему жену, работу и дочь и связавшемуся с криминальным миром.