Послевоенная Одесса. В городе орудует банда бывших диверсантов во главе с загадочным Академиком, которого толком не знают даже его же подельники. Бандиты грабят военные склады и пытаются переправить продовольствие, обмундирование и оружие бандеровцам. В это время недовольный Жуковым Сталин назначает его командующим Одесским округом. Маршал всеми силами пытается навести в городе порядок. На борьбу с бандитами направлены все силы, особенно старается начальник уголовного розыска Давид Гоцман. В ходе расследования выясняется, что и в милиции, и в штабе командования у бандитов есть свои люди: сам Академик — один из них. Гоцман предлагает в ответ внедрить в ряды бандитов своего человека и приманкой вынудить их к решительным действиям, чтобы взять всех и выйти на Академика. Сериал «Ликвидация» основан на реальных событиях 1946 года.