Действие мультсериала «Годзилла» начинается в тот момент, когда из-за тайных военных экспериментов в Тихом океане рождаются монстры огромных размеров и невиданной силы. На Манхэттене появляется Годзилла, разрушая небоскребы и сметая все преграды на своем пути. К охоте на чудовищ подключаются ученые-биологи и их помощники: доктор Нико Татополус, палеонтолог Элси Чэпмен, биоинженер Мэнделл Крейвен, молодой хакер Рэнди Эрнандес, а также шпионка французской внешней разведки Моник Дюпре. Военным удается уничтожить самку Годзиллы, но доктор Татополус становится единственным свидетелем появления на свет ее потомства. Детеныш Годзиллы, в отличие от матери, оказался более дружелюбным и готовым к обучению. Доктор собирается использовать его в войне против других монстров.
