Kaheaastases magistriõppes toimub omandatud üld- ning erialateadmiste ja -oskuste süvendamine ning kitsam erialaõpe.
Magistriõpe võimaldab jätkata õpinguid varem omandatud erialal ning saada ettevalmistus teenistuseks jalaväepataljoni ja jalaväebrigaadi staabis, sõjaaja pataljoniülema ametikohal või nendega võrdsetel ametikohtadel. Lõpetajad saavad magistrikraadi sõjateaduses ja -tehnoloogias .
Kaitseväe Akadeemia sõjaväelise juhtimise magistriõppe õppekava koosneb kolmest suuremast osast – alus- ja suunaõppe moodulist ja erialamoodulist. Alus- ja suunaõppes antakse lisaks sõjaväelistele distsipliinidele kuulajatele terviklik ja nüüdisaegne, kaitseväele ning riigile püstitatud nõudeid ja ülesandeid arvestav akadeemiline haridus. Lisaks kohustuslikele õppeainetele on kuulajatele antud võimalus valida valikaineid mitmete erinevate valdkondade aineblokkide vahel.
Suunaõppe eesmärk on valdkonnasisene spetsialiseerumine pataljoniülema ja staabiohvitseri tasemel vajaminevate teadmiste ja kutseoskuste omandamiseks. Varem jalaväe erialale spetsialiseerunud ohvitserid omandavad magistriõppe erialaõppes jalaväepataljoni ja -brigaadi staabi luureohvitseri, operatiivohvitseri ning pataljoni staabiülema kutseoskused.
Pärast erialaõppe läbimist täidavad ohvitserid suunaõppe raames toimuvatel praktilistel harjutustel ametikohti, mis vastavad nende erialale. Samas saavad kõik ohvitserid üldise staabitöö ettevalmistuse.
Alus- ja suunaõppe läbimise järel on tulevastel ohvitseridel võimalik õpinguid jätkata juba spetsiifilistel sõjaväelistel õppesuundadel – jalaväe, side, pioneeri, õhutõrje, suurtükiväe või logistika erialal.
Pärast keskastmekursuse lõpetamist ja eeskujulikku teenistust kaitseväes on ohvitseril võimalik jätkata õpinguid Kaitseväe Akadeemiaga samas majas paiknevas Balti Kaitsekolledžis, mis annab vanemstaabiohvitseri ettevalmistuse.
Magistriõpingute nominaalkestus on kaks aastat, õppekava maht on 120 EAP (80 AP).