Maavägi on kaitseväe suurim väeliik. Maaväel on kandev roll Eesti territooriumi kaitsel ja üksuste ettevalmistamisel välisoperatsioonideks. Maaväge juhib Kaitseväe peastaap ja eraldi maaväe ülema ametikohta kaitseväes ei ole.
Eesti merevägi kaitseb Eesti territoriaalset terviklikkust ja riiklikke huvisid merel. Mereväe peamine tegevusvaldkond on miinitõrje merel ning mereolukorra-teadlikkuse tagamine.
Õhuväe peamine ülesanne on õhuruumi seire ja liitlasvägede saabumise korral vastuvõtva riigina neile toetuse osutamine. Õhuvägi kontrollib riigi õhuruumi ning tagab strateegiliste objektide õhukaitse.
Küberväejuhatuse põhiülesanne on operatsioonide läbiviimine küberruumis Kaitseministeeriumi vastutusalas juhtimistoetuse korraldamiseks.
Toetuse väejuhatus peab tagama Eesti Kaitseväe võitlusvalmiduse ja jätkusuutlikkuse vajalike materjalide, teenuste ja väljaõppega.
Erioperatsioonide väejuhatus on vahetult kaitseväe juhatajale alluv üksus, mis korraldab tavatut sõjapidamist, viib läbi erioperatsioone ning annab valdkondlikku väljaõpet nii kaitseväes kui Kaitseliidus.
Sõjaväepolitsei on kaitseväe struktuuriüksus, mille põhiülesanded on korra ja distsipliini järelevalve, kriminaal- ja distsiplinaarsüütegude menetlemine ja seaduses määratud isikute kaitse nii Eestis kui välismaal.
Peainspektoriteenistuse ülesanne on inspekteerida Kaitseväe struktuuriüksusi, et kontrollida sõjaväelist väljaõpet ja sisekorda. Peainspektori ja õigusvahemehe poole võib ilma käsuliini järgimata pöörduda kõigi teenistusalaste probleemidega.
Kaitseväe meditsiiniteenistus täidab Eesti Vabariigi tervishoiusüsteemi lahutamatu osana Kaitseväe põhiülesannete täitmist toetavaid tervishoiualaseid funktsioone.
Kaitseväe Akadeemia (KVA) on sõjandusega seotud teadusvaldkondi ühendav riigikaitseline rakenduskõrgkool. Akadeemia on Kaitseväe juhataja vahetus alluvuses olev Kaitseväe struktuuriüksus ja oma ülesannete täitmisel esindab akadeemia riiki ja Kaitseväge.
NATO staabielemendi (NATO Force Integration Unit) ülesanne on toetada NATO üksuste vastuvõtmist, toetust ja õppuste läbiviimist Eesti territooriumil. Ülesanded saab NATO staabielement NATO kirdekorpusest.
Tallinnas asuv NATO Küberkaitsekoostöö Keskus on NATO poolt akrediteeritud rahvusvaheline oivakeskus, mõttekoda ja väljaõppeasutus. 2008. aastal loodud keskus on kasvanud oluliseks küberkaitse valdkonna teadmiste allikaks nii NATO kui ka liikmesriikide jaoks.