配送追跡情報なくても完了メールに表示されてしまう

おっしゃるとおり、PRO版の機能だと思われます。

現在、クライアントサイトの本番環境のみライセンスを有効化して、挙動確認はステージング環境で行っております。

もし、ライセンスを有効化されることで、「問い合わせ番号」に値を入力せずに完了ステータスに変更した場合、お客様への完了メールに配送追跡のテンプレートテキストが反映されない仕様であれば問題ないのですが、いかがでしょうか？

お返事が遅くなり、大変失礼しました。
ご対応ありがとうございます。

ただ、確認したところ、ダウンロード商品のみの注文取引で「問い合わせ番号」に値を入力せずに完了ステータスに変更した場合、お客様への完了メールに配送追跡のテンプレートテキストが送信されてしまいます。

ステージングサイトでライセンスを保存していますが、「無効化済み」となってしまいます。
もしライセンスが「有効化」になることで、完了メールの「配送追跡」の項目が非表示になるようでしたら、ステージングサイトにおける有効化方法を教えてください。

それではどうぞよろしくお願いいたします。