Вторая часть «рекламного ролика», посвященного мутантам и их возможностям, поражает воображение зрителей не только всевозможными спецэффектами, экзотическими декорациями и зрелищными поединками-погонями, но и свеженькими персонажами (отечественный Пётр Распутин — Колосс — в исполнении Дэниэла Кадмора). В сиквеле положение мутантов становится еще более отчаянным, и они подвергаются атаке неизвестного противника, который также обладает экстраординарными способностями. В обществе продолжает расти недовольство, причиной которой становится очередная атака. И бывший военный Уильям Страйкер организует движение против мутантов.
Команда суперлюдей-мутантов во главе с профессором Чарльзом Ксавьером вступает в битву с самой эволюцией. Трагически погибшая Джин Грей воскресает при загадочных обстоятельствах и возрождается в облике Темного Феникса. Теперь она представляет опасность для всего живого, в том числе самих Людей Икс. Скотт, отчаянно страдающий после смерти Джин, становится первым, кто видит ее в новом образе. Молодые люди целуются, и Скотт погибает…. Джин, полностью потерявшая контроль над собой, присоединяется к армии злодея Магнито, который продолжают вербовать в свою команду мутантов-перебежчиков.
Чарли (Клайв Оуэн) однажды опоздал на поезд (на это обстоятельство намекает оригинальное название фильма - Derailed) и повстречал Люсинду (Дженнифер Энистон). Ради внезапно вспыхнувшей страсти оба готовы поставить на карту интересы своих семей. Однако любовников начинает преследовать шантажист.