Fakultas Teknik Universitas Islam Sultan Agung (FT-UNISSULA) didirikan pada 28 Februari 1964 adalah salah satu fakultas dari 11(sebelas) fakultas yang ada di UNISSULA. Fakultas Teknik merupakan salah satu fakultas yang pertama dibuka pada saat UNISSULA didirikan.

Pada perkembangannya, jurusan pertama di FT adalah JurusanTeknik Sipil. Kemudian pada tahun 1998 berdiri jurusan baru yaitu Jurusan Perencanaan Wilayah dan Kota (Planologi). Dilanjutkan pada tahun 2000 berdiri Jurusan Teknik Lingkungan. Sampai awal tahun 2002, FT-UNISSULA telah berkembang dan memiliki Program Pasca Sarjana/Magister Teknik Sipil dengan konsentrasi pada Manajemen Rekayasa Konstruksi (MRK) dan Manajemen Rekayasa Sumberdaya Air (MRSA). Seiring dengan perkembangan keilmuan dan Program Magister, maka pada tahun 2008 telah membuka konsentrasi baru yaitu Manajemen Rekayasa Transportasi (MRT).