Eugene startet sin karriere innen nettsikkerhet ved en tilfeldighet i 1989, da datamaskinen hans ble infisert med Cascade-viruset. Eugenes spesialiserte utdanning innen kryptografi hjalp ham med å analysere det krypterte viruset, forstå hvordan det fungerte og utvikle et verktøy for å fjerne det. Etter at han hadde fjernet viruset, førte Eugenes nysgjerrighet og lidenskap for PC-teknologi til at han begynte å analysere flere skadelige programmer og utvikle desinfiseringsmoduler for dem. Denne eksotiske samlingen av antivirusmoduler dannet til slutt grunnlaget for Kaspersky antivirusdatabase. I dag er denne databasen en av de mest omfattende og fullstendige samlingene innen nettsikkerhet og beskytter systemer mot mer enn 100 millioner skadelige programmer.

I 1990 begynte Eugene å samle en gruppe av likesinnede, entusiastiske forskere for å lage programmet AVP Toolkit Pro, som i 1994 ble anerkjent av universitetet i Hamburg som den mest effektive antivirusprogramvaren i verden.

Eugene og hans kolleger besluttet deretter å etablere sitt eget, uavhengige selskap. I 1997 ble Kaspersky grunnlagt, med Eugene som leder for selskapets antivirusforskning. I 2007 ble han utnevnt til Kaspersky administrerende direktør.

I dag er Kaspersky verdens største privateide leverandør av endepunktbeskyttelse og opererer i nesten 200 land og territorier. Selskapet har nesten 3300 fagpersoner og IT-spesialister i dedikerte regionale kontorer i 32 land, og selskapets teknologi for nettsikkerhet beskytter mer enn 400 millioner brukere over hele verden.

Eugene har fått en rekke internasjonale priser for sine teknologiske, vitenskapelige og gründermessige prestasjoner. Han ble kåret til verdens mektigste sikkerhetsleder av SYS-CON Media i 2011, tildelt et æresdoktorat i forskning av Plymouth University i 2012 og utnevnt til en av Foreign Policy Magazines 2012 Top Global Thinkers for sitt bidrag til bevissthet om IT-sikkerhet på en global skala.