Спустя 20 лет после событий фильма «Матрица: Революция» Нео живет своей прежней жизнью Томаса Андерсона в Сан-Франциско, пьет назначенные терапевтом синие таблетки, а встретившись с Тринити, не узнает ее. Но вскоре герою предстоит вспомнить то, ради чего он когда-то был избран.