Авдотья Смирнова родилась в семье актрисы Натальи Владимировны Рудной и режиссёра и актёра Андрея Сергеевича Смирнова.
Училась в МГУ на филологическом факультете, который так и не окончила. Работала журналистом в «Коммерсанте», книжным обозревателем журнала «Афиша» и в журнале «Столица».
Во второй половине восьмидесятых годов сотрудничала с самиздатовскими журналами «Урлайт». Занималась арт-менеджментом. В качестве шоумена участвовала в концертах независимых московских рок-групп (в том числе «Тупые»). Принимала участие в перформансах «Новых художников».
С 1992 года пишет сценарии документальных и художественных фильмов. В 2006 году на экраны выше первый фильм Смирновой «Связь». Вместе с Татьяной Толстой, Дуня Смирнова ведёт программу «Школа злословия» на канале НТВ, в 2004 г. они совместно написали книгу «Кухня „Школы злословия“». C 2008 г. член жюри в шоу «СТС зажигает суперзвезду» на СТС.
Была замужем за питерским искусствоведом Аркадием Ипполитовым. Живёт в Санкт-Петербурге. Сын Данила.
В январе 2012 года было объявлено о браке Смирновой и главы госкорпорации «Роснано» Анатолия Чубайса.
