В пражском бюро ЦРУ появился двойной агент, или так называемый «крот». После проведения спецоперации по его выявлению в живых остались всего несколько человек — в том числе агент Итан Хант (Том Круз), которого начинают подозревать в убийстве коллег. Чтобы снять с себя обвинения, Ханту придется самостоятельно найти настоящего двойного агента, некоего «Иова», по вине которого и произошла трагедия. В поисках предателя Итану помогают также оставшаяся в живых агент Клэр, наемник и хакер, бывший агент ЦРУ.
