Как должна выглядеть функция, чтоб рекурсия происходила внутри функции, а не на саму функцию.

Рекурсия - это и есть вызов функции из нее же. Вы, конечно, можете создать функцию, которая будет вызывать рекурсивную функцию, но тогда функция с рекурсией никуда не денется.
С другой стороны, любую функцию можно переписать без использования рекурсии.
Например так:

function parents($tree, $childKey) {
    $parents = [];     
    $endOfTree = false;
    $minLevel = 1;
    $currentLevel = 1;
    $parentBranches = [];
    $branch = $tree;
    $branchKey = key($branch);
    $branchValue = current($branch);
    
    while (!$endOfTree) {      
        // Обработка текущего элемента
        if (strpos($childKey, $branchKey . ".") === 0 && $branchKey !== $childKey) {
            $parents[] = (string)$branchKey;
        }
        
        // Переключение ветки на внутренни уровень, если он есть
        if (is_array($branchValue) && !empty($branchValue)) {
            $currentLevel++;
            $parentBranches[] = $branch;
            $branch = $branchValue;                        
            $branchKey = key($branch);
            $branchValue = current($branchValue);
            continue;
        } 

        //  Переключение на следующий элемент
        $branchValue = next($branch);
        $branchKey = key($branch);
        
        // В случае, если следующего элемента нет, возврат на уровень выше или завершение цикла
        if ($branchValue === false) { 
            $branch = array_pop($parentBranches);
            $currentLevel--;
            
            // Возврат на уровень выше, если это возможно
            if ($currentLevel >= $minLevel) {
                $branchValue = next($branch);      
                $branchKey = key($branch);    
            // Завершение цикла, если уровень минимальный
            } else {
                $endOfTree = true;
            }
        }
    }
    
    // Смена направления массива и возвращение результата
    return array_reverse($parents);
}



// Проверка
parents($tree, '1.3.2.2'); 
/*
array(3) {
  [0]=>
  string(5) "1.3.2"
  [1]=>
  string(3) "1.3"
  [2]=>
  string(1) "1"
}
*/

SELECT 
     SUM(CASE WHEN `last_sign_in_at` <= DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 3 DAY) THEN 1 ELSE 0 END) AS '> 3 days',
     SUM(CASE WHEN `last_sign_in_at` <= DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 90 MINUTE) AND `last_sign_in_at` >= DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 3 DAY) THEN 1 ELSE 0 END) AS '> 90 min',
     SUM(CASE WHEN `last_sign_in_at` <= DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 30 MINUTE) AND `last_sign_in_at` >= DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 90 MINUTE) THEN 1 ELSE 0 END) AS '> 30 min'
FROM `table`

SELECT *
FROM `table` 
WHERE 1
	AND FIND_IN_SET('1', `field`) > 0
	AND FIND_IN_SET('2', `field`) = 0

Альтернативный вариант:

SELECT *
FROM `table` 
WHERE (
    (`field` LIKE '1,%' OR `field` LIKE '%,1,%' OR `field` LIKE '%,1') AND
    (`field` NOT LIKE '2,%' AND `field` NOT LIKE '%,2,%' AND `field` NOT LIKE '%,2') 
)

function groupBy(array $elements, callable $getUniqueKey) {
    $grouped = [];
    
    foreach ($elements as $element) {
        $uniqueKey = $getUniqueKey($element);
        $grouped[$uniqueKey][] = $element;
    }
    
    return $grouped;
}

$groupedByDate = groupBy($app, function($event) {
    return date("Y-m-d", strtotime($event['created_at']));
});

Пример