Борис Хлебников после школы два года учился на биолога, затем поступил на киноведческий факультет ВГИКа. Режиссер двух короткометражных фильмов (совместно с Алексеем Попогребским).
Дебютом в полнометражном кино стал совместный с Алексеем Попогребским фильм «Коктебель» (2003). Сценарий будущей картины победил на конкурсе сценариев, проводимым Европейской киноакадемией в рамках Берлинского кинофестиваля. Одновременно в России сценарий был поддержан Службой кинематографии Минкульта. Фильм «Коктебель» на 25-м Московском кинофестивале получил Спецприз жюри, приз ФИПРЕССИ за дебют, и аналогичную награду жюри российских критиков. После этого оба режиссёра работают по отдельности.
В 2006 году Борис Хлебников снял фильм «Свободное плавание», за который в этом же году получил приз за режиссуру на фестивале «Кинотавр» в Сочи, а также две Национальных премии кинокритики и кинопрессы «Белый слон» — за фильм и режиссуру.
В 2007 году Борис Хлебников вместе с Валерией Гай Германикой снимает документальный фильм «Уехал». Главный герой которого белорусский гастарбайтер. В 2009 году снимает фильм «Сумасшедшая помощь» и короткометражку «Позор» для киноальманаха «Короткое замыкание». В том же году Борис Хлебников участвует в телепроекте «Черчилль».
Борис Хлебников стоял у истоков проекта «Кинотеатр.doс». Он также является членом отборочной комиссии программы фестиваля «Кинотеатр.doс». Креативный продюсер на телеканале ТНТ. Преподает в Высшей школе журналистики ГУ-ВШЭ на курсах документального кино и театра и основ продюсирования телевизионных фильмов.
В 2010 году Борис Хлебников стал одним из учредителей Киносоюза и до Первого Съезда был его председателем.
