Вторая часть «рекламного ролика», посвященного мутантам и их возможностям, поражает воображение зрителей не только всевозможными спецэффектами, экзотическими декорациями и зрелищными поединками-погонями, но и свеженькими персонажами (отечественный Пётр Распутин — Колосс — в исполнении Дэниэла Кадмора). В сиквеле положение мутантов становится еще более отчаянным, и они подвергаются атаке неизвестного противника, который также обладает экстраординарными способностями. В обществе продолжает расти недовольство, причиной которой становится очередная атака. И бывший военный Уильям Страйкер организует движение против мутантов.
Команда суперлюдей-мутантов во главе с профессором Чарльзом Ксавьером вступает в битву с самой эволюцией. Трагически погибшая Джин Грей воскресает при загадочных обстоятельствах и возрождается в облике Темного Феникса. Теперь она представляет опасность для всего живого, в том числе самих Людей Икс. Скотт, отчаянно страдающий после смерти Джин, становится первым, кто видит ее в новом образе. Молодые люди целуются, и Скотт погибает…. Джин, полностью потерявшая контроль над собой, присоединяется к армии злодея Магнито, который продолжают вербовать в свою команду мутантов-перебежчиков.
В 1944 году, в оккупированной Польше, доктор Клаус Шмидт становится свидетелем того, как юный Эрик Леншерр согнул металлические ворота, после того как нацистские солдаты разлучили его с матерью. В своём кабинете Шмидт предлагает Эрику сдвинуть с места металлическую монету, но после нескольких попыток монета не двигается. Шмидт приводит в кабинет мать Эрика и, сосчитав до трёх, убивает её у него на глазах, позже объяснив это тем, что гнев открыл его дар. Эрик впадает в ярость и убивает двух охранников, сжав на головах их металлические каски, а так же производит погром в двух комнатах при помощи своей способности управлять металлом, и это приводит Шмидта в восторг. В то же время, в особняке в Уэстчестере, Нью-Йорк, юный Чарльз Ксавьер встречает девочку по имени Рейвен, которая способна менять свой внешний облик. Обрадовавшись, что он встретил кого-то ещё, не такого, как все, Чарльз демонстрирует Рэйвен свои способности телепата и приглашает её жить в их особняке.