Ещё в школе стал заниматься в драмкружке. Доучиваться в школе не захотел, и без аттестата был принят в студию при Центральном детском театре, закончил её в 1964 году.
Сергей Шакуров начал работать в Театре на Малой Бронной, а через год его приняли в труппу Центрального академического театра Советской Армии. Работал также в драматическом театре им. К. С. Станиславского. Сейчас актёр МТЮЗа.
В кино Сергей Шакуров дебютировал в 1966 году, снявшись сразу в главной роли в фильме Маноса Захариаса «Я солдат, мама». Снимался в фильмах Вадима Абдрашитова, Анджея Вайды, Андрея Кончаловского, Егора Кончаловского, Эмиля Лотяну, Никиты Михалкова, Аллы Суриковой, Петра Тодоровского, Марлена Хуциева, Светланы Дружининой, Игоря Масленникова, Галины Юрковой-Данелии.
Народный артист РСФСР, лауреат Государственной премии СССР, кавалер Ордена Почёта и ордена «За заслуги перед Отечеством» IV степени.
Мастер спорта по акробатике, в юности был чемпионом Москвы.
