Рыжая мартышка Чичи прибегает к доктору Айболиту со страшным известием: в Африке заболели все обезьяны. Они не желают есть бананы, не хотят бегать и прыгать по деревьям и думают, что скоро умрут. Понятно, что добрый врач никак не может оставить несчастных животных без помощи, но злой разбойник Бармалей собрался изловить его, мучить и унижать.
Захватив с собой чемоданчик с лекарствами, собачку Авву, а также мартышку, Айболит грузится на корабль и отправляется прямиком в Африку. Но судно оказывается совершенно незащищенным от пиратов, и те захватывают его, обещая героям страшные казни. Разбойник бросает верных товарищей в пучину, но им чудом удается спастись и добраться до берега.
Злобный преступник уже неспособен остановиться, он придумывает, как обмануть доктора, притворившись, что добрым людям нужна помощь, в результате чего медик попадает в лагерь бандитов. Казалось бы, спасения нет, друзья погибнут и больным зверям никто не поможет. Неожиданно появляется комарик, вылеченный врачом. Пираты, гоняясь за насекомым, бьют друг друга, а Айболит и его товарищи убегают и продолжают путь. Обезьяны боятся лечиться, но выпив микстуру и пилюльки, сразу же выздоравливают. Обиженный Бармалей решает заняться добрыми делами.