Как работает облако?

То бишь, мне создать несколько папок, куда я буду грузить сами файлы. Вот допустим, у меня есть папки такие: files1, files2, files3 в них мне грузить файл который пользователь хочет сохранить, но при загрузки шифровать файл в md5 в базу записывать настоящие название файла, потом сам md5 и путь до файла, верно?

Вот ещё вопросик, когда пользователь нажимает создать папку, папка создателя виртуальна или все же просто создаётся запись в базе и типа как папка есть, но её нет, как это работает?

Будет ли правильно, при регистрации создать настоящею папку на сервере с название логина и в ней все хранить?

Александр Бехоли,

но при загрузки шифровать файл в md5 в базу записывать настоящие название файла, потом сам md5 и путь до файла, верно?

считать хэш сумму, не шифровать.

Смысл вот этого вот вложения 3х уровневого в том, что когда у вас файлов/папок станет много - слабой точкой станет файловая система, так как при большом количестве файлов в одном каталоге поиск файла будет происходить медленно.

Вот ещё вопросик, когда пользователь нажимает создать папку, папка создателя виртуальна или все же просто создаётся запись в базе и типа как папка есть, но её нет, как это работает?

Как хотите, можно и создавать, правда будьте осторожны, создав папку "../" пользователь будет загружать файлы в каталог уровнем выше.

Еще не маловажный момент - обязательно права на файлы и каталоги только на чтения и запись, никакого выполнения.

Будет ли правильно, при регистрации создать настоящею папку на сервере с название логина и в ней все хранить?

Откуда мне знать?)) Это ваш проект. Если в вашем случае это целесообразно - делайте, если не целесообразно - не делайте. То, что я предложил - универсальный подход, в его случае единственным источником правды является БД. Даже если вас взломают - нужно как минимум доступ И к БД И к файловой системе, одно без доругого будет бесполезно. В моем случае файлы будут равномерно размазываться между кучей каталогов и вероятность того что тормоза файловой системы начнутся по причине слишком большого количества файлов в каталоге довольно низкая, скорее у вас inode закончатся. В случае создания каталога на пользователя проблемы начнутся раньше.

Как вариант вместо md5 можете использовать uuid, так не надо будет обрабатывать ситуации с дублированием файлов, но принадлежащим разным пользователям.