Десятиклассник Юра Никитин, узнав о гибели отца на фронте, стал курсантом пехотного училища. Как-то во время перерыва в занятиях они с другом случайно попали в гости к девушке, которая им давно нравилась. Никитин и Зоя полюбили друг друга. Робким и нежным было это чувство. А вскоре курсантов, срочно поднятых по тревоге, досрочно отправили на фронт.
Действие фильма начинается 22 июня 1941 года — в самый злополучный день в истории СССР. Начавшаяся война перевернула жизни всех жителей огромной страны. Первыми под удар попали жители приграничного городка в Беларуси. Анна Корзун — заведующая аптекой, не испугалась прихода фашистских оккупантов в свой город. Смелая женщина установила связь с белорусскими партизанами, чтобы передавать им медикаменты и информацию о положении дел. Военная драма «Война под крышами» снята по мотивам одноименного романа белорусского писателя Алеся Адамовича.