Детство Марка Руффало прошло в Висконсине, а позднее — в Сан-Диего. Окончив школу, Марк учился в Консерватории Стеллы Адлер в Лос-Анджелесе.
Девять лет он проработал в театре, известность пришла к нему в 2000 г. после роли в фильме «Можешь рассчитывать на меня». За ней последовали другие картины, он готовился к съёмкам в фильме «Знаки», когда у него была диагностирована опухоль головного мозга.
В настоящее время несмотря на осложнения после операции Марк Руффало здоров и успешно снялся в последнее время в нескольких известных фильмах, как, например, «Соучастник» и «Вечное сияние чистого разума».
