Der D64-Vorstand besteht aus zwei Co-Vorsitzenden, dem Schatzmeister und zwei BeisitzerInnen. In den Vorstand können nur Vereinsmitglieder, die keine hauptamtlichen Mandats- oder Funktionsträger von Parteien sind, gewählt werden. Der aktuelle Vorstand wurde im November 2018 für die Dauer von zwei Jahren gewählt.