Скорее всего, вы или пользователи, имеющие доступ к почтовому ящику, удалили их.
Также проверьте, не настраивали ли вы или же пользователи, имеющие доступ к вашему почтовому ящику, в последнее время почтовые программы. Очень часто возникает ситуация, что при настройке почтовой программы не устанавливается галочка «Сохранять письма на сервере», в результате чего все письма, имеющиеся в почтовом ящике, скачиваются на компьютер.
Удалённые с сервера письма, к сожалению, восстановить невозможно.